22 липня 1716 р. відбулося урочисте освячення Благовіщенського собору. Митрополит Київський і Галицький Стефан Яворський особисто освятив собор і дав йому назву Богородичного Назарету. Церква стала другою за значущістю в Ніжині після Миколаївського собору.
  Ніжинський Благовіщенський монастир збудували в історичному центрі міста на початку XVIII століття. Його засновником став відомий ієрарх, вчений і філософ Стефан Яворський. На зведення святині його надихнув Іван Мазепа, на кошти якого в ті часи будували низку церков у різних куточках України.
  Митрополит Стефан Яворський побажав побудувати храм, присвячений Благовіщенню Діви Марії. Місцем для цього храму митрополит обрав Ніжин, де на той час настоятелем Свято-Миколаївського собору був його брат – протоієрей Павло Яворський. У 1702 р. Стефан Яворський викупив власним коштом за 1300 карбованців "доброю монетою" двори ніжинських міщан, що прилягали до сучасної вулиці Гоголя біля Соборного майдану, і розпочав будівництво величного храму в ім'я Благовіщення Пресвятої Богородиці.
  Для будівництва храму Стефан Яворський запросив московського архітектора Григорія Івановича Устинова. У листі до брата Павла митрополит характеризував зодчого як майстра "справді певного [тобто надійного] і в малярській справі та архітектурі майстерного". Про авторство Г. І. Устинова свідчить і його чолобитна Петру І від 17 грудня 1705 р. За свою роботу архітектор мав отримати 7000 крб. сріблом (тогочасними українськими грошима – 35 тис. золотих).
  Існує помилкова точка зору, що Стефан Яворський назвав новозбудований соборний храм пам'ятником на честь поразки українців у Полтавській битві, що відбулася якраз під час будівництва собору. Стефан Яворський послав до Ніжина записку, в якій стверджував: "Відтепер нехай буде пам'ятник у Ніжинському монастирі про перемогу Богом дарованої Всеросійському Самодержцю Петру Великому над шведським королем Карлом другим-надесять під Полтавою літа від втілення Господнього 1709". Уважне вивчення цього документа дозволяє стверджувати, що "пам'ятником" Яворський називає не соборний храм, а ікону в іконостасі, на якій було зображено Петра І в образі св. Георгія Переможця.
  Зведення собору тривало 14 років. Перед зодчим стояло непросте завдання: спланувати архітектурну споруду так, щоб вона співвідносилася з часом і тими традиціями, які були вже закладені в розбудові Ніжина початку XVIII ст. На той час у сакральних дерев'яних спорудах міста переважав український стиль, а у мурованих – бароко, прикладом якого посеред центрального Соборного майдану височів Миколаївський собор. Тому архітектура Благовіщенського собору являє собою поєднання бароко та давньоруського стилю. Оздоблення будівлі й шикарний семиярусний іконостас робили переважно місцеві майстри. Благовіщенський собор став видатною бароковою будівлею в Україні та другим, після Свято-Миколаївського собору, великим храмом у Ніжині. Обидві споруди стоять поруч, у самому центрі міста.
  Згодом Стефан Яворський почав облаштовувати при храмі чоловічий монастир, а згодом і бібліотеку. Архіпастир заповідав, щоб над книгами працювали вчені ченці, які б навчали усіх Слова Божого та, за висловом владики, "не себе самих проповідували, а Христа Розіп'ятого". За дев'ять років після смерті Стефана його бібліотеку перевезли до Харківського колегіуму, причому під час перевезення частина книжок зникла.
  У другій половині XVIII ст. монастир тричі постраждав від пожеж. Третя виявилася найбільш руйнівною. Монастир хотіли закрити. Але мешканці Ніжина пообіцяли зібрати частину коштів, потрібних для оновлення обителі. Проте, відродження монастиря йшло дуже повільно і тривало з 1803 по 1823 рр. при праці настоятеля Віктора Черняєва. Під його керівництвом відремонтовано старі будівлі, поновлено настінний живопис, збудовано Петро-Павлівську церкву з дзвіницею, кам'яні торгові ряди, ігуменський корпус із трапезною.
  У 1907 р. монастир став осередком чорносотенного "Союзу російського народу". За часів радянської влади храм використовувався під склади. Іконостас собору було знищено, поховання у храмі – пограбовано. У західній стіні собору пробиті ворота.
  Відновив свою діяльність монастир лише у 1999 р., коли 30 березня Священний Синод УПЦ ухвалив рішення про відкриття монастиря.