З початком Першої світової війни із західних регіонів країни до Чернігова переїжджали державні установи, гімназії та інші навчальні заклади, окремі сім'ї. Усіх необхідно було достойно розмістити. У цей складний час губернське земство розпочинає клопотання про створення у місті учительського інституту. Дозвіл було надано розпорядженням Міністерства народної освіти від 16 травня 1916 року за № 3072. Так розпочався процес відкриття в Чернігові середнього навчального закладу, до якого зараховуватимуть лише чоловіків.
За місяць, 19 червня 1916 року, Цивільне відомство видало наказ за № 60 про призначення на службу директором Чернігівського учительського інституту О. П. Фльорова, а штатними викладачами російської мови та історії – С. І. Воробйова і П. К. Федоренка. Четверо викладачів – математики, природознавства, чистописання й закону Божого – працювали поза штатом. Новозаснований навчальний заклад не мав свого приміщення, а орендував шість кімнат у приватної особи. Тут розмістилися квартира директора, канцелярія, інститутське майно. Заняття відбувалися в орендованій кімнаті торговельної школи. На перший курс було зараховано двадцятьох двох студентів, які закінчили вищі початкові училища, учительські семінарії, чотирикласні міські школи, педкурси. Деякі з них уже працювали вчителями.
Матеріальне становище навчального закладу бажало кращого. О. П. Фльоров неодноразово звертався до Чернігівської губернської земської управи з проханням надати студентам грошову допомогу.
Заняття в інституті розпочалися 22 вересня 1916 року. До цього часу помітно покращилася його матеріальна база, з'явилося власне приміщення, удвічі збільшився книжковий фонд бібліотеки. У 1917 році в інституті було запроваджено викладання української мови й літератури, історії та географії України. Навесні 1918 року Чернігів захопили німці. У приміщенні інституту вони розмістили свою комендатуру. Заняття проводились у будинку духовної семінарії, а потім в одній зі шкіл міста.
Восени 1920 р. навчальний заклад трансформований у Чернігівський інститут народної освіти. Ректором обраний С. І. Воробйов. У 30-ті роки навчальний заклад був неодноразово реорганізований – в Інститут соціального виховання, педагогічний (1933), учительський (1935), об'єднаний учительський та педагогічний інститут (1939). У 1944 році відновив свою роботу як учительський, а за десять років отримав статус педагогічного. У 1961 році інституту присвоєно ім'я Т. Г. Шевченка. Відповідно до постанови Кабміну України від 13 березня 1998 року заклад став Чернігівським державним педагогічним університетом, з 8 січня 2010 р. – Чернігівським національним педагогічним університетом імені Т. Г. Шевченка. Відповідний указ підписав Президент України В. А. Ющенко. 4 жовтня 2017 року указом Президента України Петра Порошенка вишу присвоєно нову назву – Національний університет "Чернігівський колегіум" імені Т. Г.Шевченка.
У складі університету – Навчально-науковий інститут історії та соціогуманітарних дисциплін імені О. М. Лазаревського, Навчально-науковий інститут психології та соціальної роботи і п'ять факультетів: природничо-математичний; технологічний; фізичного виховання; дошкільної, початкової освіти і мистецтв; філологічний. Підготовка педагогічних працівників освітньо-кваліфікаційного рівня "Магістр" здійснюється на всіх факультетах університету. З 1992 року функціонує аспірантура з 12 спеціальностей, а з 1999 року – докторантура.