Підґрунтям для створення в Російській імперії архівних комісій стало Положення "Об учреждении ученых архивных комиссий и исторических архивов" від 13 квітня 1884 року. У документі визначалися напрями їх діяльності: розбирання архівних матеріалів, укладання описів та покажчиків до архівних справ і запровадження їх у науковий обіг. Проте утворення подібних інституцій на теренах України затягнулося, оскільки царизм побоювався піднесення національної свідомості українців. Тому перша архівна комісія була започаткована у 1886 році у Таврійській губернії, а наступна – лише за дев’ять років, на Чернігівщині.
  Заслуга у створенні ЧГВАК належала Олександру Лазаревському, який іще у 1862 році клопотався про відкриття в Чернігові історичного товариства, але не отримав на те дозволу, проте спроб не полишив: кілька разів він звертався до чернігівського губернського предводителя дворянства, історика, мецената і громадського діяча Г. Милорадовича з пропозицією створити таку комісію у Чернігівській губернії. Повільно, але зусилля, спрямовані на реалізацію ідеї, стали плідними – 26 листопада (за новим стилем) 1896 року Чернігівська губернська архівна комісія розпочала свою роботу. Першим її головою став Григорій Милорадович.
  Перші 5 років діяльності ЧГВАК не були особливо плідними: відбувалося поповнення бібліотеки та музею, проте архівним справам приділялося мало уваги. 
  Але вже на початку ХХ ст. змінився склад комісії. До неї були залучені ліберальна інтелігенція, земські службовці, вчителі, літератори. Керуючим справами ЧГВАК став історик і краєзнавець Петро Добровольський. За висловом відомого чернігівця Аркадія Верзилова, у цей період комісія перетворилася "на солідний науковий заклад з архівом, музеєм, бібліотекою". Серед її членів знаходимо таких видатних діячів, як Вадим Модзалевський, Яків Жданович, Олександр Русов, Петро Богуславський, Ілля Шраг, Аркадій Верзилов, Валентин Шугаєвський, Михайло Коцюбинський, Євген Корноухов, Іван Рашевський та багато інших.
  Діяльність комісії була багатоплановою: група її членів склала "Програму для  збирання археологічних, історичних, етнографічних відомостей про Чернігівську губернію", відповідно – здійснювались археологічні розкопки, досліджувалися церковна історія, біографії визначних земляків, здійснювалися генеалогічні розвідки, відбувалась охорона пам’яток історії та культури, було виконано топографічні описи Чернігова, Ніжина, Сосниці, опис річок у межах Чернігівського полку, складено бібліографічні покажчики до періодичних видань, активізувалися дослідження історії України XVІІ–XVІІІ ст., реформи 1861 року та інше. Члени комісії були активними організаторами та учасниками XIV Археологічного з’їзду, що відбувся в Чернігові у 1908 році.
  Комісія мала свій друкований орган – "Труды Черниговской губернской ученой архивной комиссии". З 1898 до 1918 року було надруковано 12 випусків, крім того з 1909 року щорічно окремими брошурами виходили звіти. 
  Велика увага приділялася архівній справі. Збирання документів супроводжувалося їх науковим опрацюванням та публікацією на сторінках "Трудов... ". На початок 1915 року загальна кількість опрацьованих справ в архіві ЧГВАК сягала 20000 одиниць. Завдяки роботі істориків та архівістів було врятовано від загибелі чимало цінних для історії документів. 
  У роки Першої світової війни діяльність архівної комісії поступово зійшла нанівець. Спроби реанімувати її функціонування у післяреволюційну добу зазнали невдачі. Чернігівська губернська вчена архівна комісія припинила існування. За час своєї діяльності ЧГВАК стала одним із найбільш помітних наукових центрів в Україні, дослідження її вчених увійшли до скарбниці української історіографії, а традиції, закладені комісією, були сприйняті і розвинені наступними поколіннями працівників архівних, бібліотечних, музейних установ області.