4 листопада 1967 року в Ніжині урочисто відкрили краєзнавчий музей. Спочатку – як народний, на громадських засадах, а потім – як філію Чернігівського обласного історичного музею.
  Історія Ніжинського краєзнавчого музею бере початок від міського публічного Музею історії мистецтв та етнографії, створеного 7 листопада 1920 року українським мистецтвознавцем та етнографом Володимиром Лесючевським (1892–1942). У травні 1927 року на базі його колекції, а також музейної колекції Ніжинського інституту народної освіти було створено Ніжинський окружний музей імені Миколи Гоголя. Одним із фундаторів та очільників цього закладу став майбутній видатний нумізмат і музейник Іван Спаський (1904–1990).
  У 1934 році радянською владою Ніжинський музей було закрито, а його співробітників репресовано. Відродження музею відбулося лише в 1960-х роках за ініціативи й численних клопотань місцевих краєзнавців та викладачів Ніжинського педагогічного інституту. Після тривалої роботи оргкомітету музей було відкрито 4 листопада 1967 року. Першим його директором став Володимир Шоходько, який у подальшому очолював заклад протягом 20 років.
  20 листопада 1990 року Ніжинський музей рішенням виконавчого комітету Ніжинської міської ради реорганізовано з філії Чернігівського історичного музею в окремий Ніжинський краєзнавчий музей. 15 грудня 2009 року закладові присвоєно ім'я Івана Спаського.
  У фондовій колекції музею, за різними даними, нараховується 30–40 тисяч оригінальних експонатів, лише частина яких представлена для огляду.
  До складу Ніжинського краєзнавчого музею ім. І. Спаського входять чотири відділи: історичний, художній, "Природа Приостер'я" та "Поштова станція".
  Історичний відділ пропонує до уваги відвідувачів понад 2 тисячі оригінальних експонатів. У залах музею представлена історія міста від первісної доби до сьогодення. Це археологічні колекції, що презентують дописемну історію, історію давньоруського та литовсько-польського періоду, козацьку епоху. В експозиції – оригінальні документи козацьких часів та імперської доби, фотоматеріали ХІХ–ХХІ ст., стародруки і рідкісні книги. Етнографічні колекції представлені предметами побуту й особистими речами визначних постатей та простих містян ХVІ–ХХІ ст.
  Художній відділ складається з трьох експозиційних та однієї виставкової зали. В експозиційних залах представлені картини всесвітньовідомих художників С. Шишка, М. Стратілата, П. Орла, Ю. Галича, В. Доброліжа, С. Рибака, О. Якимченка. Окрема зала музею присвячена життю і творчості "цариці української сцени" Марії Заньковецької. В експозиції – особисті речі актриси, унікальні афіші вистав, у яких вона грала, програмки, фотографії акторів театральної трупи, створеної Марією Заньковецькою в Ніжині. Виставкова зала щомісяця змінює експозицію.
  Відділ "Природа Приостер'я" складається з двох зал. Він репрезентує фізико-географічну характеристику краю, рослинний та тваринний світ регіону.
  Відділ "Поштова станція" розміщений в одному з будинків комплексу будівель Поштової контори – пам'ятки архітектури XVIII ст. – і репрезентує розвиток поштової справи в Україні загалом та в Ніжині зокрема.
  За архівними джерелами в окремій залі відтворено інтер'єр кімнати станційного наглядача з робочим місцем і місцями для відпочинку подорожніх. Окрема частина експозиції відділу присвячена відомому українському художникові-баталісту Миколі Самокишу, який народився в сім'ї поштового службовця.
  Сьогодні всі охочі можуть відвідати музей. Два відділи (історичний та "Природа Приостер'я") розміщені у старовинному будинку, що належав у XIX столітті ніжинському купцеві 1-ї гільдії, спадковому почесному громадянину Пантелеймонові Дяченку, за адресою: вул. Батюка, 14. Художній відділ розташований за адресою: вул. Небесної Cотні, 11. Відділ "Поштова станція" – за адресою: вул. Поштова, 5.